בעת שימוש בפפטידים, אנו נתקלים לעתים קרובות במדדים של טוהר הפפטידים ותכולת הפפטידים. אנשים רבים עשויים לתהות מדוע טוהר הפפטידים שלהם הוא 95% אך תכולת הפפטידים היא רק 80%. הסיבה לכך היא שמדובר בשני מושגים שונים לחלוטין.
טוהר הפפטידים: טוהר הפפטידים מתייחס לכמות פפטיד המטרה שזוהתה ב-214 ננומטר (214 ננומטר הוא אורך גל הספיגה של שרשרת הפפטידים) באמצעות ניתוח HPLC.
תוכן פפטידים: זה מתייחס לאחוז הפפטידים ביחס לחומרים שאינם-פפטידיים בדגימה.
הטוהר של פפטיד מתייחס לתוכן של פפטיד המטרה שזוהה על ידי HPLC ב-214 ננומטר (214 ננומטר הוא אורך גל הספיגה של שרשרת הפפטיד). מלבד פפטיד המטרה, HPLC יכול לזהות זיהומים הכוללים: רצפים שנמחקו (רצפי מטרה חסרים שאריות חומצת אמינו אחת או יותר), רצפים קטועים (רצפים שנוצרו במהלך הגנה), ורצפים שהגנתם לא הייתה מלאה (כתוצאה מכך בתהליך הסינתזה או תהליך החיתוך הסופי). עם זאת, HPLC אינו יכול לזהות מים ומלחים שאריות כגון טריפלואורואצטט (TFA) ואצטט. במהלך סינתזת הפפטידים, רצף הפפטידים מבוקע מהשרף באמצעות TFA, וגם כמות קטנה של TFA נוצרת במהלך הטיהור. לכן, קצה האמינו החופשי ושרשראות צד אחרות של הפפטיד, כגון Arg, Lys ו-His, יכולים ליצור כמויות קטנות של זיהומי TFA. בעיה נוספת היא רטיבות. פפטידים בדרך כלל מיובשים באמצעות ליופיליזציה, אך למרות זאת, מים יהיו קיימים בדרגות שונות בהתאם ליכולת הקישור הקוולנטית. לכן, פפטידים שנמסרו מכילים בדרך כלל מלחי TFA וכמויות עקבות של מים, שאינם ניתנים לזיהוי על ידי HPLC, ובכך מובילים להבדלים בתכולת הפפטידים ובטוהר.
